寒假的這天柯南發(fā)燒了休息，而原本約定好的在步美家的紙牌游戲也沒(méi)有辦法參加。就在和步美通電話時(shí)忽然有個(gè)叫做正南的小男孩說(shuō)有陌生人闖進(jìn)家中敲開(kāi)了步美家的門(mén)，但之后他的父母便過(guò)來(lái)把他帶走了。看似小孩子的惡作劇但柯南卻發(fā)現(xiàn)其實(shí)他們不是真的父母，正南可能真的面臨危險(xiǎn)！于是少年偵探團(tuán)的各位來(lái)到正南的家里一探究竟。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

怪盜基德與赤面人魚(yú)（后篇）

新印象公司旗下的業(yè)務(wù)員們發(fā)生不斷遭人襲擊重傷的案件，犯人甚至脅迫新印象公司的社長(zhǎng)要求支付現(xiàn)金，隨后犯人進(jìn)一步指明交付現(xiàn)金的必須是毛利小五郎，而警方還不知道犯人會(huì)以什么樣的方式接受現(xiàn)金。犯人利用電磁鐵取走現(xiàn)金的手法已被破解，而嫌疑人西澤也浮出水面，在小蘭和柯南前往西澤家調(diào)查時(shí)卻看到了他的尸體。

在砂田善三叔叔的邀請(qǐng)下園子、小蘭和柯南一起來(lái)到溫室觀看開(kāi)花的金琥，在參觀的過(guò)程中愛(ài)發(fā)脾氣的善三叔叔和自己的兩個(gè)兒子因?yàn)檫z囑的事情起了爭(zhēng)執(zhí)。吃過(guò)八代小姐做的晚飯后柯南等人聽(tīng)見(jiàn)了溫室的警報(bào)聲，趕過(guò)去的他們看到的是握著遺囑驚慌失措的康之，而砂田善三已經(jīng)死在了溫室里。