雖然他們四人都有不在場的證明，但警方和小五郎仍然對他們保持懷疑態(tài)度，并前去他們當時所在的唐戶市場、唐戶棧橋和海響?zhàn)^逐一進行確認，就在小五郎自認為推理出整個案件時，野島榮子卻跑去警局自首，她將自己殺人的過程和動機一五一十的坦白，隨后她的三位朋友趕到，為了友情他們又曾有何行動？真正殺死真尾的人真的是野島榮子嗎？

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

警方對鱒渕進行偵訊，而當時他卻并沒有不在場證明并且之前他曾與船木發(fā)生過爭吵，所以警方認定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊也展開了調(diào)查，柯南注意到來往這里火車，認為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來過大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動機以及她的手法到底是什么？

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導致保坂死去的樓梯，經(jīng)過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

少年偵探隊為了看電影假面劍客的試映會，在有希子的帶領(lǐng)下來到東都現(xiàn)象所，可是由于某些原因，預定的試映時間必須向后延長，而有希子又要趕搭飛機先行離開，因此柯南等人就暫時留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發(fā)上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當場身亡。