柯南他們在一家新開的飯店吃飯時(shí)，碰巧遇到了參加聯(lián)誼的高木和佐藤警官，然而，在聯(lián)誼進(jìn)行的同時(shí)，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據(jù)彩和她弟弟將史的說法，警察將目標(biāo)鎖定在將史的三個(gè)朋友之中，可是，經(jīng)過一一調(diào)查卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異樣，難道犯人不在他們之中？

沒過一會兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機(jī)傳來的簡訊，雖然還不知道傳簡訊人的意圖，但柯南卻察覺到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時(shí)，他還解開了博士留下的暗號，根據(jù)這個(gè)暗號的設(shè)計(jì)原理，他突然想起了死者見山所留下來數(shù)字的含義，然而，此刻遠(yuǎn)離柯南的園子和小蘭就在兇手的車子上……

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒想到這時(shí)卻……

警方并沒有找到柯南等人看到的當(dāng)時(shí)那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準(zhǔn)備離開的時(shí)候，已經(jīng)知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據(jù)柯南的提示警方破解了兇手制造不在場證明的手法，因此，加藤終究難逃法網(wǎng)。破案之后，高木警官決定在離開之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現(xiàn)并告訴他……

柯南在舊大社車站找到了可以證明江角案發(fā)時(shí)不在場的目擊證人，幫江角洗清嫌疑之后，福間也不在隱瞞而說出了事情的真相，其實(shí)在他到達(dá)現(xiàn)場的時(shí)候，鱷淵已經(jīng)死亡，在尸體身邊他發(fā)現(xiàn)了江角的項(xiàng)鏈，于是，就出現(xiàn)了兩人互相包庇的戲碼。既然鱷淵并非這對情侶所殺，那么兇手就在藤江和石飛之間，即使他們兩人都有不在場證明，真相也永遠(yuǎn)只有一個(gè)！