為陪園子買東西，柯南和小蘭來到一家百貨公司，可小五郎卻莫名奇妙的被牽扯進目暮警官等人為引誘歹徒現身而設下的圈套，之后，目暮警官表示他們正在調查一起連續的毆打婦女案，柯南在這些受害人的照片中發現她們都是這家百貨公司客人的這一共同點，這時，小蘭卻在百貨公司的地下停車場發現了一名女性的尸體，雖然目暮警官立刻進行辦案，但柯南卻發現他與平常有所不同。

備前千鶴在飯店房間里上吊，因而被眾人認為是自殺。在柯南的啟發下小五郎發現千鶴是他殺的肯能性。在警方的詢問下眾人都有殺害千鶴的肯能。在調查飯店的屋頂之后柯南發現了犯人飛翔一般的作案手法和留下的證據。在證據面前兇手最終承認了罪行，同時道出了和千鶴和自己弟弟的過往以及殺害她的原因。

柯南在垃圾桶里發現了被丟掉的便簽紙，客房服務員也說自己曾在門外發現了一張寫有奇怪內容的字條，這時，警方說在兇器電話線上發現了小五郎的指紋，案件的偵破進入了死胡同，兇手到底是誰呢？妃英理隨意的一句話提醒了柯南，沒錯兇手就是那個人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方聯手將兇手引入到他們設下的陷阱之中。

看著奄奄一息的柯南，步美建議大家自己想辦法，三人按照石頭上的文字推斷出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。緊接著柯南被立刻送到醫院進行治療，又在小蘭碰巧知道血型的情況下給他輸了血，小蘭最近的奇怪反應讓柯南意識到自己的身份或許已經在小蘭面前暴露，就在他打算向小蘭坦白時，灰原拿槍對準柯南。

柯南，阿笠博士與少年偵探團在看馬戲的歸途中，遇上被媒體錯認為霍克的的外國老人詹姆斯。柯南巧妙的解圍。作為報答，詹姆斯請柯南他們吃東西，然而他去停車場卻長時間沒有回來。原來詹姆斯被冒充警察的一伙綁架，而這群人也把詹姆斯誤認為霍克，詹姆斯陷入危機之中。另一方面詹姆斯留下了自己被綁架的信息P&D柯南是否能夠解開呢？