阿笠博士帶少年偵探隊一起去露營，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發現了一個刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發現石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發現了一具被人勒死的尸體，這里到底發生過什么？柯南將石燈籠暗號破解，居然是關于寶藏的信息。

小五郎因為受國友家的執事赤冢的委托，幫助他們解開惡靈的詛咒而來到國友家的公館。隨后，柯南他們面對的是公館收到的謎樣的卡片和在4號多次發生的奇怪事件。主人國友淳大再次請求他們在公館內重復調查。晚飯后，呆在2層房間的柯南他們，卻發現了在3樓的陽臺上吊著的安全公司經理關口先生的尸體。

警方并沒有找到柯南等人看到的當時那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準備離開的時候，已經知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據柯南的提示警方破解了兇手制造不在場證明的手法，因此，加藤終究難逃法網。破案之后，高木警官決定在離開之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現并告訴他……

柯南等人掉落屋低之后，發現這個別館的地下居然是一個巨大的迷宮，大家團結一致將衣服拆開，利用毛線引導道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結束時間只有三個小時，這時，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應的位置，寶藏的所在也顯現出來，這時，時鐘不顧一切的沖向寶藏，他到底是什么人？

服部平次和遠山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個節目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭論不休，這時小五郎提議進行一場推理賽來決定去哪里，他將警方委托他調查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長，在案發現場服部準確的說出了死亡方式以及兇器，并且還發現了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認真投入到暗號的破解之中，這兩個人到底誰更勝一籌呢？