就在萬(wàn)由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫(xiě)著“要知道真相就一個(gè)人來(lái)”的信息！而就在柯南追過(guò)來(lái)之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬(wàn)由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬(wàn)由美之前曾來(lái)過(guò)這里。晚上萬(wàn)由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來(lái)。

這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車(chē)，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車(chē)。作為答謝片寄邀請(qǐng)小五郎一行來(lái)到家里，而小五郎他們?cè)陂T(mén)口碰到了發(fā)生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時(shí)發(fā)現(xiàn)倒地身亡的片寄爺爺！而在調(diào)查過(guò)程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號(hào)信。

警方在將這三個(gè)嫌疑人分開(kāi)偵訊之后，又在死者的包里發(fā)現(xiàn)了一把手槍和強(qiáng)盜集團(tuán)百鬼夜行留下的字條，并從小島權(quán)作的秘書(shū)那里得知，他舉辦此次活動(dòng)是為了尋找殺死自己愛(ài)犬的同叫小島的強(qiáng)盜頭目，于是柯南利用與死者相同的方法找出兇手，雖然證據(jù)被銷(xiāo)毀，但他巧施妙計(jì)讓兇手自己主動(dòng)承認(rèn)了罪行。

來(lái)到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國(guó)用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過(guò)程中小蘭從以前新一說(shuō)過(guò)的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過(guò)與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫(xiě)著的就是接下來(lái)的線索。

對(duì)時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會(huì)上被刺身亡。在調(diào)查來(lái)賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽(tīng)到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。