這天小五郎回到事務所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍貓寄養在事務所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學了。在她走后，有一個自稱為桐下的男人來到了事務所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發來的手機短信。因為短信的內容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發現了暗號的意義。

大家找到校長詢問他下雨的時候是否出現在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因為他與保坂從小一起長大，所以又了解了更多關于保坂的事情，這時，小蘭在走廊的木板上發現污漬，柯南將這些污漬與操場上出現的刮痕相聯系，沒錯，制造靈異事件的就是那個人!

柯南他們在一家新開的飯店吃飯時，碰巧遇到了參加聯誼的高木和佐藤警官，然而，在聯誼進行的同時，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據彩和她弟弟將史的說法，警察將目標鎖定在將史的三個朋友之中，可是，經過一一調查卻并沒有發現有何異樣，難道犯人不在他們之中？

因接到電視臺的邀請，小五郎便帶著柯南和小蘭飛到沖繩，參加一個與職棒選手能勢和主持人本山對談的節目錄制。在機場與本山會合之后，一行人打算去能勢下榻的酒店接他，沒想到卻在半路發現了能勢的尸體，期間，本山的一句話讓柯南認定他就是兇手，可能勢死亡的時候，他正在飛機上，因此有充分的不在場證明，那么，他到底是如何往返于兩個地方犯案的？

正影的三弟子之一姬宮遇害后，警方匆忙趕來調查并對屋內所有人一一進行偵訊，正影的妻子滿里太太說，被翻亂的資料室內有記載正影自創魔術的筆記本，而且在五年前曾有一個戴著帽子和墨鏡的男人找過正影，于是，大家正影的房間希望能從他的相冊中找到這個可疑男人，柯南和服部也在這里有了新發現，就在這時，和葉和小蘭回想起了看到尸體時的怪異場景。