中平六年，漢靈帝死，少帝繼位，為外戚大將軍何進所制。十常侍誘殺何進，袁紹等領兵誅殺宦官，西涼刺史董卓趁機進兵京師、驅逐袁紹、滅丁原收呂布、廢少帝立獻帝，專權朝野，并毒死劉辯。滿朝文武哭哭啼啼，對董卓無可奈何。可曹操（鮑國安飾）卻撫掌大笑，挺身而出，表示愿親自前往謀刺董卓。計定之后，曹操佩著司徒王允借給的七星寶刀來到相府，進入董卓所住小閣，見呂布侍立于旁，不敢下手。董卓叫呂布去挑馬賜與曹操，呂布去后，董卓因胖大不耐久坐，于是倒身轉向內臥于床上。曹操見機會已到，急抽出寶刀，待要行刺，不料董卓從衣鏡中看見曹操在背后拔刀，迅速轉過身子問道：“孟德干什么？”呂布此時也牽馬來到閣外。曹操靈機一動，忙持刀跪下說：“我有寶刀一口，獻與恩相。”董卓拿過寶刀，遞與呂布收了。曹操馬上解下刀鞘交與呂布，道：“我去試試恩相賜的馬。”急牽馬出相府，望東南逃去。當董卓、呂布醒悟過來要捉曹操時，他已遠走高飛。

佐助等人朝著信的巢穴前進，途中他們遭到了眾多克隆體的攻擊，雖是克隆體但鳴人并沒打算下重手，在鳴人壓制克隆體時佐助與佐良娜先行一步援助小櫻。確定信沒有同伙后小櫻展開了攻勢，在和佐助匯合后信被完全壓制，所有的克隆體全部集中到了信的周圍，但他們做的第一件事竟然是殺死了信，在信不知道的情況下克隆體們實施著自己的計劃。

中忍考試第二場比賽開始了，搶奪旗幟戰的規則是在守住自家旗幟的同時進攻敵陣，這場比賽將要淘汰半數的隊伍。第七班選擇博人駐守陣地，而巳月和佐良娜展開攻勢，讓他們沒想到的是敵方三人全都選擇進攻，千鈞一發之際博人使用了科學忍具。得知兒子通過第二場比賽后鳴人非常高興，但他還不知道博人的作弊行為。

三人小隊集合的時候博人遲遲沒有來，巳月在與佐良娜閑聊的時想起了以前的自己。從病床上醒來的巳月完全不記得從前的事情，大蛇丸過來告訴他一個叫羅古的忍者奪走了他的記憶，而自己則是他的至親。雖然巳月心存疑慮但還是選擇相信了大蛇丸，但當他揭開羅古的面具后卻再次陷入了迷茫。

佐良娜、博人、新希展開決賽混戰，佐良娜和博人聯手對抗新希攻防一體的忍術“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場，博人意識到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現了。