在宅急便送圣誕蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公園踢球消化腸胃，途中為了追把保羅咖啡廳當(dāng)做根據(jù)地的貓咪，他們不小心被關(guān)進(jìn)了宅急便的配送冷藏車內(nèi)。想辦法離開的他們看到了貨柜里的尸體，打算向外界求救時(shí)手機(jī)又恰好沒(méi)電，拿出手邊所有東西的他們準(zhǔn)備想辦法向外界求助。

少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問(wèn)話，柯南對(duì)這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒(méi)有辦法利用麻醉槍。無(wú)法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場(chǎng)推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。

繼輕井澤別墅中的若松先生遇害之后，他的兒子玉郎也在東京的家中被毒殺，不可思議的是除了玉郎吃掉的那塊蛋糕意外并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)其他的蛋糕上有毒。于此同時(shí)，大和敢助警官等人注意到了被殺害的若松先生浴室的瓷磚是運(yùn)用了一種名為陰影鉆石錯(cuò)視的會(huì)引發(fā)視覺(jué)錯(cuò)覺(jué)的形狀，總算讓若松社長(zhǎng)的死亡訊息再次顯現(xiàn)出來(lái)，而現(xiàn)實(shí)出的字母竟是SON。

從火災(zāi)現(xiàn)場(chǎng)逃出來(lái)的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要?dú)⒑︷^長(zhǎng)的三人卻反被殺害，而初穗承認(rèn)自己失手將想要對(duì)館長(zhǎng)下手的姐姐殺死，看到現(xiàn)場(chǎng)遺留的物品后柯南有了線索，這并不是一起單純的正當(dāng)防衛(wèi)，在這個(gè)事件的背后還隱藏著不為人知的真相，隱藏在能面背后的真正兇手到底是誰(shuí)？