阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢原祐二。為了解開謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢的場面。想要解圍的柯南在和伊勢一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會如何？

警方分別對三位女當(dāng)事人進(jìn)行了詢問，并檢查了她們隨身攜帶的物品，而案發(fā)現(xiàn)場所發(fā)現(xiàn)的白色涼鞋成為了本案最大的疑點(diǎn)。在諸多線索的指引下，柯南和世良很快便推理出兇手的身份，但卻未能明白兇手的作案手段。最終在園子不經(jīng)意的提示下，柯南順利地將案發(fā)過程演繹給眾人，成功找出真兇。而兇手與死者之間，竟有這樣一段不為人知的往事……

警察開始調(diào)查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場證明。柯南從段野的證詞那里發(fā)現(xiàn)了奇怪之處，黑田管理官也發(fā)覺了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔(dān)偶人得到了啟發(fā)，懷疑是有人做了一個自動起火裝置故意暗殺了漆原史昭。

柯南跟著步美等人調(diào)查他們目擊犯人的樓層，圣誕節(jié)的百貨商場人流量非常多，他們?nèi)嗽谀繐舴溉藭r都沒有看到犯人的臉，綜合他們當(dāng)時所遇到的場景柯南有了線索。步美等人的證詞都沒有錯誤，出現(xiàn)不一致的原因是外觀印象會受到周圍環(huán)境的影響，而綜合這些證詞后符合條件的人只有一個。

通過與世良的接觸，柯南回憶起與世良初次相遇的情形。十年前，秀一從美國回到日本，與家人一起在海灘游玩，恰好偶遇了年幼的新一和小蘭。沉迷偵探游戲的新一引起了秀一的興趣，正當(dāng)二人交談甚歡時，突然有一輛車從沿海公路上沖破護(hù)欄墜入深海。秀一馬上潛入海中實(shí)施救援，卻發(fā)現(xiàn)駕駛員已當(dāng)場死亡。根據(jù)秀一的推斷，案發(fā)前車上應(yīng)該還有死者的同伴，而死者的身份也是疑點(diǎn)重重……