水中逃脫魔術(shù)失敗的冬城在水槽內(nèi)明顯是筋疲力盡而小五郎，柯南，目暮警長等人則在錄像中確認(rèn)了當(dāng)時的情況。冬城的死因確定是溺死，但到底這是事故，還是誰事先策劃的謀殺卻不得而知，這時小五郎卻發(fā)表了自己的推理，但很快被推翻。而在調(diào)查了現(xiàn)場之后柯南最終確定了犯人的身份，“沉睡的小五郎”也最終在眾人面前揭露了犯人的真面目。

柯南和小蘭跟著小五郎一起來到鹿兒島，隨后三人就立即就去拜訪一個叫高隈的制酒廠，酒廠老板娘白石扶美子帶著這三人四處參觀的時候，卻不幸發(fā)生了意外，大家在董事辰村慎介的家中發(fā)現(xiàn)地上留有一灘血，而他本人也知了去向，經(jīng)過兩天的尋找辰村的尸體在公園里被人發(fā)現(xiàn)，而酒廠的所有人都成了此次案件的嫌疑人。

小蘭班上轉(zhuǎn)來了一個與水無很相像的男孩子本堂瑛祐，這不禁讓柯南提高了警惕，見面之后，柯南發(fā)現(xiàn)他只是一個極度迷糊的少年，也放下了心來，這時，事務(wù)所來了一個叫三角篤的男人，他委托小五郎找和自己吵架而消失的伴侶， 在柯南的提醒下，大家來到了他們初次相識的群馬滑雪場，沒想到他的伴侶居然在密閉的車內(nèi)死亡，雖然狀似自殺，但柯南認(rèn)為這是他殺案件，而兇手就是……

阿笠博士帶少年偵探隊一起去露營，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發(fā)現(xiàn)了一個刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發(fā)現(xiàn)石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發(fā)現(xiàn)了一具被人勒死的尸體，這里到底發(fā)生過什么？柯南將石燈籠暗號破解，居然是關(guān)于寶藏的信息。

為調(diào)查真相，柯南又重返兩個案發(fā)現(xiàn)場，沒想到會有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個東西，蓮希奶奶自殺的結(jié)論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……