毛利小五郎帶柯南和小蘭來高級(jí)餐廳用餐，進(jìn)門后三人發(fā)現(xiàn)桌上擺滿了食物卻沒有客人，并在廚房發(fā)現(xiàn)了倒在地上的廚師口石先生。清醒后的口石先生告訴三人，原本有五名客人在餐廳里用餐，不料自己在做飯時(shí)遭到了歹徒的襲擊，客人們也不知去向。毛利小五郎馬上通知了目暮警官，并查清了每個(gè)客人的身份，然而卻難以判斷消失的客人們?nèi)チ撕翁帯Ｕ谶@時(shí)，擺放在餐桌上的甜點(diǎn)和雜物引起了柯南的注意。

在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時(shí)候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時(shí)柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時(shí)柯南突然明白了什么。

阿笠博士中獎(jiǎng)拿到了餐飲券，少年偵探團(tuán)便跟著來到了位于米花百貨商店頂樓的高級(jí)餐廳，但是那里的主廚卻被人刺中腹部受到重傷。柯南見狀馬上聯(lián)系了百貨商店各處的偵探團(tuán)成員，正在挑選禮物的步美等人立馬去樓梯口尋找犯人的下落，但當(dāng)警察來后他們?nèi)说淖C詞卻完全不一樣。

柯南確信被警察盯上的千野并不是真正的犯人，而尸體的第一發(fā)現(xiàn)者福田先生和催促番藤與天城協(xié)商的江崎小姐都有殺人的機(jī)會(huì)，但在調(diào)查中柯南并沒有得到這方面的線索。案件的條理逐漸明確，犯人殺死天城和番藤的目的是為了陷害千野，想起千野偶爾擔(dān)任推理小說新人獎(jiǎng)的審查后另一條線索出現(xiàn)了。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……