魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬飾）屢次中計，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復了諸葛亮丞相的職位，但這時諸葛亮的身體已經大不如前。諸葛亮設計引魏軍出戰，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對抗魏軍。此時魏延（王心海飾）已經有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢再出祁山。

高中生偵探工藤新一被稱為“日本警察界的救世主”而響譽全國，他幫助警方解決了很多棘手案件。某日，他和青梅竹馬小蘭一起去坐云霄飛車時遇到了一起因情生恨兇殺事件，其中，有兩名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟蹤卻被發現，黑衣給他灌下毒藥后離開，當被警察發現時，工藤已變成了小孩兒的模樣。

司馬懿中了諸葛亮之計，進入上方谷搶奪糧草。諸葛亮（唐國強飾）在上方谷設下火陣。司馬懿險些被大火燒死之時，天突降大雨，司馬懿逃出。司馬懿堅守不出，對諸葛亮的羞辱悉數笑納。司馬懿為安撫魏軍將士的怒氣，上書魏王請求出戰，魏王看出其中不戰之意，下詔不出戰。司馬懿款待蜀軍使者，從中探出諸葛亮身體不好。東吳撤軍，吳蜀夾擊魏國的戰略失敗，諸葛亮又因勞累過度，導致舊病復發。魏延請纓出戰，沒有得到諸葛亮的允許。劉禪得知諸葛亮舊病復發，慌張不已。諸葛亮接受眾人意見開始準備禳星延長壽命。

馬謖不聽王平的當道扎營之策，執意屯兵于山上。司馬懿派張郃阻攔王平，自己派兵防守水道，圍山放火。諸葛亮（唐國強飾）看到王平繪制的街亭地圖及軍事布防，悲憤不已，并猜到了司馬懿的戰術，速派楊儀出兵匯合王平解救馬謖。楊儀半途接報街亭失守。諸葛亮聞訊知大勢已去，命將士們準備回漢中。諸葛亮搬運糧草之時，司馬懿率大軍瀕臨城下。諸葛亮撫琴于空城之上，并大開城門。司馬懿聽琴觀勢，誤以為諸葛亮設下埋伏，慌忙撤離，再回來時對諸葛亮之計佩服不已。諸葛亮拒絕三軍將領的求情，依軍法，斬了馬謖，悔恨自己沒聽劉備（孫彥軍飾）遺言不可重用馬謖，自降職務，休整蜀軍，以備伐魏。諸葛亮欲伐魏之時，得知趙云辭世，悲痛不已。

孟獲回去后讓其弟孟優向蜀軍詐降，諸葛亮（唐國強飾）將計就計款待孟優，設下伏兵等侯孟獲，孟獲夜襲被再次生擒。孟獲等人被再次放回，不料自己的營寨已被蜀軍占領，只好逃到其夫人營寨。孟獲起兵來犯，諸葛亮暫避其鋒芒。諸葛亮設下空營，孟獲以為蜀國受敵便急追回撤的蜀軍，豈料又中了蜀軍重重埋伏，最后被生擒。孟獲不服，再次被放，投奔了朵思大王。蜀軍山林行軍，口渴時誤飲毒泉之水，部分將士中毒，口不能言。諸葛亮親自走訪，終遇一位高人，才得知此處安樂泉水可解此毒。此高人乃孟獲之兄孟節，他對孟獲不從王化很是氣憤，并幫助蜀軍安全渡過各種毒泉、毒氣等有害之障。孟節還告訴諸葛亮楊鋒與孟獲有不解之仇。楊鋒率兵假借幫助孟獲而接近他，趁孟獲不備，將其生擒，送于諸葛亮。孟獲仍是不服，諸葛亮很是氣憤，但為收其心，再次放之。