旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來(lái)到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍(lán)子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時(shí)后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實(shí)就是自己的親人，因?yàn)榈貌坏礁赣H贊同和支持而疼下殺手。

柯南在垃圾桶里發(fā)現(xiàn)了被丟掉的便簽紙，客房服務(wù)員也說(shuō)自己曾在門(mén)外發(fā)現(xiàn)了一張寫(xiě)有奇怪內(nèi)容的字條，這時(shí)，警方說(shuō)在兇器電話(huà)線上發(fā)現(xiàn)了小五郎的指紋，案件的偵破進(jìn)入了死胡同，兇手到底是誰(shuí)呢？妃英理隨意的一句話(huà)提醒了柯南，沒(méi)錯(cuò)兇手就是那個(gè)人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方聯(lián)手將兇手引入到他們?cè)O(shè)下的陷阱之中。

小五郎接受電視節(jié)目制作公司社長(zhǎng)古川悅子的委托去保護(hù)他的母親。然后在古川家等待悅子回來(lái)的時(shí)候知道了家屬和女傭之間發(fā)生了很多金錢(qián)上的糾紛。悅子回來(lái)后去母親的房間叫母親時(shí)從母親的房間傳來(lái)了槍聲。悅子的母親被擊中頭部死亡。經(jīng)過(guò)調(diào)查，柯南發(fā)現(xiàn)了兇手殘留下來(lái)的證據(jù)正是遙控器上指紋的漏洞。最終兇手承認(rèn)了自己的罪行。

青野木亮藏是在形成密室的茶室中被殺的，橫溝警官開(kāi)始詢(xún)問(wèn)時(shí)卻發(fā)現(xiàn)沒(méi)有人到過(guò)茶室,所有人都有不在場(chǎng)證明。在調(diào)查茶室外圍的時(shí)候柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的犯罪手法和證據(jù)。“沉睡的小五郎”召集大家道出了兇手利用一根繩子的作案手法和犯人的身份。在鐵證下兇手終于承認(rèn)自己的罪行并道出了原因。

柯南、小蘭和小五郎回家的路上，看到一間公寓里有人發(fā)生了爭(zhēng)吵，正準(zhǔn)備上前阻止時(shí)，一位老人說(shuō)這種爭(zhēng)吵已成家常便飯，不用理會(huì)。然而，第二天居然在這間公寓里發(fā)現(xiàn)了尸體，就在小五郎懊悔沒(méi)能救人時(shí)，事務(wù)所突然沖進(jìn)了一位叫中本的年輕人，他聲稱(chēng)自己是無(wú)辜的，雖然昨晚看似自己和死者在一起發(fā)生了爭(zhēng)吵，可這根本就是死者所演的獨(dú)角戲，隨后小五郎又找到了能證明他清白的錄音帶，本以為一切塵埃落定，柯南卻發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺。