如果電話一直沒人接，黑暗組織必將有所行動，于是柯南拿起電話利用變聲領結和沃克商量交易的時間和地點，將交易時間提前之后，阿笠博士和柯南立刻開車返回東京，不料車子居然爆胎，就在這時，路上駛來一輛車，搭上順車的柯南發現車里的一男一女很是古怪，疑似新聞里所說的珠寶大盜，途中，他們還遇到了群馬縣警察臨時檢查，不過柯南并沒有揭穿他們，難道柯南就這樣讓他們逃脫警方的追捕逍遙法外？

在園子的邀請下，小蘭和少年偵探隊來到奧谷湖舉辦的釣魚大賽，還在這里認識了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發生了爭吵，沒想到第二天上午，就在園子等人釣魚的附近，發現了船木的尸體，警方立刻介入調查，水井說半年前也曾有人死在那里，柯南認為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實，當大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動，原本處在上風的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢發生了扭轉，就在蓓摩特舉槍滅口時，柯南出現……

柯南在新出醫院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當晚，大家在老先生的房中等鬼出現時，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

藤枝干雄被殺，雖然家中每個人的反應有著微妙的差別，但卻都有不在場證據。在警方的調查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內部作案。而在有希子詢問了園丁土肥之后眾人又發現了新的疑點。在父親工藤優作的暗示基礎上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開了事件的謎底。