以幕末的長(zhǎng)崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡(jiǎn)報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過來，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。

一封寄給服部平次奇怪的信件，里面有著一個(gè)月前殺害設(shè)計(jì)公司社長(zhǎng)若松耕田先生的殺人兇手寄來的東西，和葉代替感冒的服部依照信上的指示和朋友一起拜訪了若松先生的大阪老家，在哪里他們看到了一個(gè)頭發(fā)很長(zhǎng)令人毛骨悚然的人，而這個(gè)人在停電的時(shí)候卻消失的無影無蹤，更奇怪的是若松先生刻在瓷磚上的死亡訊息也跟著消失了。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

照經(jīng)營(yíng)管理出租公寓的桐谷貴江婆婆的說法，小五郎每個(gè)禮拜都會(huì)到她家里幫忙解決難題，對(duì)此感到難以置信的小蘭和柯南一起來到了桐谷婆婆家里等待，而出現(xiàn)的卻是自稱婆婆孫女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是為了探望婆婆的情況。婆婆管理的出租公寓內(nèi)傳來了慘叫，作為房客的傅川先生被害，而真正的兇手就在發(fā)現(xiàn)尸體的三個(gè)房客之中。

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時(shí)候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對(duì)不能以這種摸樣被人殺害。