和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個從現(xiàn)場消失的名叫淺香的保鏢，其真實身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當柯南和小五郎趕到指定賓館時又一起兇殺案發(fā)生了。

為了紀念戰(zhàn)國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發(fā)現(xiàn)倉庫一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

在被害人波土的遺物中發(fā)現(xiàn)了他親手所寫的字條，經(jīng)紀人和社長隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經(jīng)紀人小姐原來竟是波土的前女友。而在舞臺上發(fā)現(xiàn)的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經(jīng)過波本對繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實身份。

不久，王聰聰父親來找魏老師要求轉學，還將那本畫有漫畫的書拿給老師看，王聰聰父親覺得秋實小學的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽到非常驚訝，好不容易建立起來的友誼現(xiàn)在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會。一天，米小圈的父親接到一個電話，是王聰聰父親打來的，兒子被帶回家自學，將自己關在書房很多天，不吃不喝，只提出要見米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個鬼臉做完，王聰聰變又樂不可支了。經(jīng)過這件事，王聰聰父親開始反省自己平時給米小圈的壓力太大，準備今后帶他經(jīng)常出去玩玩，王聰聰終于肯出門了，平時在父親的高壓下學習，差點造成抑郁。而米小圈的父親覺得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對滿墻的獎狀，他也開始反省，是不是自己“散養(yǎng)”的教育方式才讓米小圈沒有王聰聰優(yōu)秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書房，滿墻的書籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬萬沒有料到，父親訂單的旅游景點是在中國，并且標準的農(nóng)家樂，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，