少年偵探團(tuán)利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號(hào)的社長急忙拜托調(diào)查。

帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強(qiáng)盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時(shí)間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過來，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。

在園子的邀請(qǐng)下，柯南、小蘭隨她一起前往杯戶飯店享用“蛋糕吃到飽”，然而在搭公車的途中他們遇到了一位截拳道高手，這位與小蘭勢(shì)均力敵的對(duì)手到底是什么人？到了杯戶飯店后，得知蛋糕吃到飽餐廳已經(jīng)截止入場(chǎng)的小蘭和園子大失所望，這時(shí)，突然傳來尖叫聲，有一名男子從高處墜樓身亡，目擊人晝川表示樓頂有人影閃過，但當(dāng)柯南趕到樓頂時(shí)卻只發(fā)現(xiàn)了外套和鞋子。

阿笠博士為了鑒定古董壺的價(jià)值而在影音網(wǎng)站上傳了影像，沒想到卻引起了這次的綁架事件。就在柯南等人重新購買咖喱食材的那段時(shí)間內(nèi)，在家里的阿笠博士被電暈，而和博士在一起的步美也被綁架了，而綁架犯的目標(biāo)卻是讓柯南他們尋找簡訊中的貓，在柯南等人來回奔波時(shí)綁架犯又發(fā)來了訊息，聲稱找到貓的綁架犯釋放了步美，但他們的真正目的到底是什么？

接受汀小姐的邀請(qǐng)小五郎一行人來到了大濱海岸，在汀小姐的家里小五郎等人遇到了她的丈夫海四郎，兩人因?yàn)闆_浪的事情起了爭(zhēng)執(zhí)。傍晚海四郎找到小五郎等人表示汀小姐不見了，看到汀小姐發(fā)來的短訊后海四郎先行回到家中，而第二天早上小五郎等人卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了汀小姐的尸體，而她的尸體旁邊卻沒有留下任何足跡。