某日，一個叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來到吉村所在的公寓剛準備上樓時，突然聽到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來之后，對吉村的公寓進行了仔細的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。

晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過爭吵的加那善成為了頭號嫌疑人。柯南則在勘察現(xiàn)場的時候發(fā)現(xiàn)窗臺上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時也解開了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認了自己的罪行并說出了殺人動機。

為了采集蘑菇少年偵探隊一行人全部進了山里，忙著采菇的時候，元太竟然誤入狩獵區(qū)。無奈之下，大家只好兵分兩路分頭尋找，沒想到灰原和光彥居然發(fā)現(xiàn)被人獵殺的尸體，害他們自己反成了射殺的目標。另一邊，找到元太之后，大伙兒便和三名獵人一起沿著山區(qū)的小路尋找灰原和光彥的蹤影。

因為抽獎時抽到了一等獎，小五郎帶著小蘭和柯南來到位于深山的旅館。賓館的主人寺泉是愛車一族收藏了非常多的名車。在房間柯南無意中聽到了奇怪的對話，此時寺泉找到小五郎說明自己最近突然到了恐嚇信，希望小五郎能夠保護他一直到名車展示場的開業(yè)儀式。突然，出現(xiàn)了三位不速之客。原來寺泉通過不光彩的手段收購了他們的愛車。在車展的當(dāng)天卻發(fā)現(xiàn)寺院死在了車上！

小五郎的事務(wù)所里來了一個叫春菜的大學(xué)生，委托小五郎找他的尋呼機朋友。春菜保存了秋悟先生的尋呼機和音樂盒，那以后，春菜的尋呼機上出現(xiàn)了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，卻發(fā)現(xiàn)秋悟在給春菜送出尋呼機之前就已經(jīng)死了，而走廊上還出現(xiàn)了奇怪的人影。接著眾人就發(fā)現(xiàn)已經(jīng)被擊暈的阿稔。