在東京的松陰神社，少年偵探團(tuán)及時(shí)救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來(lái)的足以買(mǎi)下國(guó)家價(jià)值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車(chē)站，遇到了自稱(chēng)是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達(dá)之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號(hào)，順著線(xiàn)索來(lái)到了萩市，沒(méi)想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

赤井秀一按照約定來(lái)到會(huì)面地點(diǎn)，水無(wú)憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開(kāi)槍?zhuān)@時(shí)，巡邏警車(chē)趕來(lái)，水無(wú)憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開(kāi)。當(dāng)FBI得知消息后，爆炸的車(chē)內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認(rèn)了那具尸體確實(shí)是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無(wú)憐奈。

小蘭興致勃勃的來(lái)到妃英理的律師事務(wù)所，試圖幫父母慶祝他們第一次約會(huì)紀(jì)念日，可妃英理卻在接了一通電話(huà)后匆匆離去，之后小蘭在一個(gè)大花瓶里發(fā)現(xiàn)了自己媽媽和陌生男人在一起的合照以及結(jié)婚戒指，氣憤的小蘭一路跟蹤到了一家咖啡館，卻看見(jiàn)妃英理正在和照片上的男人一起喝咖啡，就在小蘭想要揮舞拳頭沖向這個(gè)“外遇男”時(shí)，柯南的一句話(huà)打消了她的念頭。

康司、義郎以及綾華這三位死者有一個(gè)共同點(diǎn)，那就是他們?cè)c阿景和繁次一起挖過(guò)武田信玄的秘密金山。之后，柯南和服部去龍尾家查看武田信玄的盔甲時(shí)碰巧看到了他常用的軍事戰(zhàn)略“風(fēng)林火山”而這正好與康司、義郎和綾華的死亡狀況相符合，那么，由此可以推斷兇手出接下來(lái)可能要施以目標(biāo)以火刑，就在這時(shí)，和葉打來(lái)電話(huà)說(shuō)有人倒大火之中，而這個(gè)人就是繁次。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開(kāi)了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車(chē)逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。