四代水影矢倉曾經用恐懼支配著村子，而神樂是矢倉的孫子，他一直認為自己體內流淌著劊子手的血，為此他放棄了繼承忍刀七人眾的稱號只愿輔佐長十郎，和博人相識改變了這一切。神樂下定決心繼承雙刀鲆鰈，并立志將其用于和平。但干柿尸澄真的出現讓這一切有了變數，他利用神樂的心理陰影推動反叛。

佐良娜滿懷期待來到了父親佐助面前，但佐助卻誤將佐良娜當成了敵人，面對佐良娜的諸多疑問佐助卻用冷漠的態度搪塞了過去，這樣的結果讓佐良娜失望透頂，而佐助也有著自己的難言之隱。在鳴人安慰佐良娜時擁有寫輪眼的敵人出現了，自稱宇智波信的敵人揚言要復活曉，在鳴人和佐助聯手御敵的時候小櫻也趕了過來。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

秦慶童偷偷向曹操（鮑國安飾）報信說：吉平、董承、王子服等人密謀殺害曹操。曹操詐病，識破了吉平欲毒害自己的計策，而后捉拿了王子服、董承并殺害。曹操挾持了漢獻帝。曹操派兵攻打劉備（孫彥軍飾）。袁紹不愿聽孫乾的建議，偷襲曹軍救天子解徐州之難。曹軍行進中旗桿被風吹斷，軍中謀臣推測劉備必來劫營，即設下圈套。劉備和張飛劫營中計，生命不知。曹軍圍困關羽，張遼趁機說動關羽。關羽與曹操約定三事后，見了曹操，但得知劉備生死不明時，心中生疑。

佐良娜、博人、新希展開決賽混戰，佐良娜和博人聯手對抗新希攻防一體的忍術“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場，博人意識到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現了。