服部打電話告訴柯南雖然沒有查到水無憐奈的過去，但是找到了關于神秘轉學生本堂英祐的事情，于是，柯南根據服部所提供的情報和阿笠博士、灰原來到了據說有英祐父親照片的模型店店長的家中，可是，店長卻發現柯南要找的照片突然不見了，并且根據房中所留下的痕跡來看，柯南斷言一定有人曾入侵過這個房間。

小五郎的朋友向日葵酒吧的老板井上弘子意外被人殺害，當他和柯南趕到案發現場時，弘子的男朋友高岡明已守在尸體旁邊，目暮警官等也展開了調查，據周圍人所說，在案發期間并沒有人出入死者所在的公寓，并且嫌疑人高岡明當時也有充分的不在場證明，就在警方斷定這是起入室搶劫殺人事件時，柯南發現了關鍵線索，他重新推斷死亡時間，并斷言這里并非案發的第一現場。

554 鸛的探索之旅（搜索小蘭篇）日文名字：こうのとりミステリーツアー（蘭捜索編）對應漫畫：動畫原創收視率：9.6%播映時間：2009年11月7日簡介： 柯南和小五郎、小蘭、少年偵探團、哀一起來到城崎溫泉。小蘭與在小道遇到的少女一同行蹤不明。服部平次與和葉出現在搖擺不定的柯南等人面前。平次是接受那位少女，陽菜的父親田布施周平的委托來到此地。事件是昨天田布施美術館中，雕刻家半田夏穗的作品“彩虹之子”與陽菜一起不翼而飛。柯南和平次一同開始尋找小蘭…。

557 與危險的二人同行日文名字：危険な二人連れ對應漫畫：VOL65F6-F7收視率：8.6%播映時間：2009年11月28日簡介：引擎在山梨縣熄火，于是阿笠和哀搭上路經此地的女子的車。一個身負重傷的男子睡在副駕駛座上。女子一行人偶然說起要去毛利偵探事務所。行駛中，哀發現了駕駛座的坐席上有槍彈的痕跡。坐席的接合部也有血跡殘留。哀和阿笠佯裝入睡后，女子和男子聊起了柯南的話題。哀和阿笠被兩人駭人的談論所吸引。哀聯絡事務所里的柯南尋求幫助，可是…。

在FBI制定作戰計劃的同時黑暗組織就已經展開了行動，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時，杯戶中央醫院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫院陸續出現送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫院爆炸，后果不堪設想，柯南和赤井秀一又會采取什么行動？