八號車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對峙還沒有結(jié)束，在八號車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？

少年偵探團(tuán)和阿笠博士被之前在露營認(rèn)識的夫妻招待吃烤肉，柯南等人受到了夫妻倆的熱情招待，當(dāng)他們還在吃烤肉時丈夫表示找不到手機(jī)，夫妻兩人便一起去客廳尋找，但手機(jī)卻在庭院的椅子下面，當(dāng)步美拿去給他們時卻看到了駭人的一幕。事件看似是丈夫采取防衛(wèi)時不小心將刀刺向了妻子，但柯南卻從事件中感受到了強(qiáng)烈的不協(xié)調(diào)感。

以幕末的長崎為舞臺，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡報，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過來，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺詞。

事故現(xiàn)場的三人里面可能就有近期惡性循環(huán)破壞車輛案的兇手，為了幫助遲鈍的千葉警官步美等人用盡了辦法，但不解風(fēng)情的由美警官卻時常打斷兩人的獨(dú)處，在得知了真相之后由美仿佛看到了唯一單身的自己慘淡的生活，她對兩人的妨礙更加變本加厲。在被破壞的車子中柯南看到了他們的共同點(diǎn)，這是兇手想要強(qiáng)迫閉上雙眼的駕駛員睜大眼睛的報復(fù)行為。

毛利小五郎像的秘密