為了紀念戰國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當地的英雄秀表演。表演結束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達也遇害，生前給周圍居民帶來不小困擾的他遭到了人們的冷漠對待，大家都很慶幸有人殺了他。應當擔任與天城達也溝通協商的居委會會長番藤彥一死在了自己的家中，雖然現場布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點被咖啡廳的老板金滿豐子證實，她提出昨晚番藤根本就不會與天城見面。

唐三召喚出藍銀草，藍銀草迅速長大，緊緊纏住玉小剛的手臂，還在上面寄生出新的藤蔓，玉小剛的傷口處都沒有感到一絲疼痛，他欣喜若狂，這就證實了唐三的第二魂環繼承了鬼藤的寄生能力，以后就可以把藍銀草的種子神不知鬼不覺埋在對手的皮膚表面，然后用鬼藤把對手死死纏繞。唐昊蒙面來到諾丁城，他當街攔住城主的轎子，在大庭廣眾之下把他殺了。當天夜里，諾丁城里歡聲雷動，人們自動取消宵禁，聚攏在街上載歌載舞。唐昊連夜趕回圣魂村，屏蔽唐三和小舞，悄悄把玉小剛叫出來，交給他一瓶修復武魂的藥水，讓他們三人用完以后好好休息一晚，就可以完全恢復了，唐昊承認殺死了諾丁城主，他不想驚動唐三，想不告而別。唐三突然跟出來，他通過藍銀草感知到有人走近，唐三跪下向唐昊認錯，發誓再也不會離開家，答應以后再也不問他以前的事了，就想和唐昊繼續在這里隱居，平平安安過一輩子，唐昊想讓唐三盡快獨立，讓玉小剛帶他去一個最適合的地方，說完這些話，唐昊就揚長而去。唐三向大師打聽父親的真實身份，他避而不答，唐三想去最好的魂師學苑，成為最強大的魂師，由于唐昊堅決不許唐三去武魂殿，玉小剛給他詳細介紹了七大宗門辦的魂師學苑，各大門宗都很排外，一旦加入終身不得

根據友寄夫人的回憶，寫有打開機關盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當眾人齊心協力想要從書中找出紙條時，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機關盒的展廳，卻發現基德早已留下卡片逃之夭夭。

為了打開藏有珍貴月長石的機關盒，鈴木次吉郎準備在鈴木大圖書館將機關盒展出，并邀請各界人士前來打開機關盒。同時，他也向怪盜基德發出了邀請，希望借此機會吸引基德并將其繩之以法。收到邀請函的基德如約而至，正當眾人專心致力于打開機關盒時，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機以動。柯南能否順利找出基德真身？