工藤新一與毛利蘭搭公車時(shí)，碰到色狼澤田治對(duì)小蘭毛手毛腳。小蘭馬上大喊色狼，而且還追澤田追下車。后來(lái)小蘭與新一分頭追人，好不容易才抓到澤田。正當(dāng)要將澤田扭送警局時(shí)，看到一名因?yàn)楹粑魍Ｖ苟∏槲＜钡睦先藢m野勝代被送到醫(yī)院，而刑警佐藤美和子等人則是懷疑這可能不是意外，而正在詢問(wèn)勝代的看護(hù)山下誠(chéng)...

柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來(lái)詢問(wèn)圖書館職員玉田失蹤一事，館長(zhǎng)津川表示自己也不清楚，警察做了簡(jiǎn)單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長(zhǎng)曾鬼鬼祟祟的來(lái)過(guò)一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長(zhǎng)在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長(zhǎng)殺害的玉田的尸體時(shí)，沒想到館長(zhǎng)也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時(shí)，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時(shí)，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

小五郎三人陰錯(cuò)陽(yáng)差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時(shí)，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識(shí)破了小武是自己害死的對(duì)頭財(cái)誠(chéng)勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時(shí)，突然傳來(lái)管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉(cāng)庫(kù)，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長(zhǎng)孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。