柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發生沖突的一面。這天木山家具為了紀念1號店，聚集了眾多相關者開宴會。而從設計石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發現馬島社長死在了石庭的中央！

正當小蘭她們陷入困境的時候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現場的情況并指出有三個奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規定只有七川值班。在新一的引導下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

高木警官和佐藤警官瞞著警局里的同事們，偷偷在熱帶樂園的水世界見面，為了阻撓他們的約會，警局的同事們暗中搗鬼，安排柯南，光彥等人出現在他們面前，就在這個時候，高木警官原本裝有求婚戒指的包居然出現毒品，之后，他意識到這一定是在搭乘“海地五萬里列車”時被人調了包，柯南根據這個包包的肩帶判斷出他的主人是個左撇子，并根據當時所拍攝的照片和游客所填寫的信息表，將目標鎖定在一個叫高城登的人身上。

柯南與少年偵探團與阿笠博士去看足球比賽。在歸途中，遇見在看電視轉播其他比賽的赤野，他毒罵比賽中轉會而遭觀眾噓聲的選手。赤野是上了看球黑名單惡名昭著的狂熱不良分子。然而這個赤野在支持者混雜的電車內被殺害了。在柯南等各位少年偵探團的幫助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此時灰原卻默默的走離人群？

柯南和小蘭準備食材的時候遇到了舊識西村佐知子，她也正在為自己男朋友的到來而滿心期待的做準備，只是沒想到第二天，佐知子居然被人用銅質裝飾品擊中后腦勺而喪命，警方認為她男朋友殺人的可能性最大，但小蘭卻無論如何都不愿相信這是事實，于是，她在柯南的暗中提醒下展開了調查，在詢問了佐知子同事之后，小蘭得知了一個驚人的秘密！