董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

五影會談即將到來，孩子們也顯得非常活躍，經過了宇智波信事件后佐良娜立志成為火影，博人卻依舊還和往常一樣計劃著自己的惡作劇。鳴人在會談中向各影說明了如今的情況，忍界將面臨新的危機，他們的敵人有著連輝夜都忌憚的力量，水影和雷影希望問題在他們這一代解決，他們并不看好生活在和平中的下一代，但風影和鳴人則有不一樣的看法。

博人拜師佐助受挫后找到了片助，在研究所他得到了一個科學忍具，利用科學忍具他在佐助面前使出了完美的螺旋丸，佐助雖然看破但卻沒有說出來。尋求查克拉的大筒木一族已經開始了行動，金式和桃式首先找到了八尾人力柱奇拉比。與此同時，中忍考試即將開始，博人和同伴們都在積極的準備。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

陶謙手下因為圖財害命而殺曹操之父，曹操（鮑國安飾）為報殺父之仇，領兵殺赴徐州陶謙。糜竺前往孔融處請求救兵，正在孔融處投靠的劉備（孫彥軍飾）、關羽（陸樹銘飾）、張飛（李靖飛飾）三人決定前往救助徐州。陶謙感激劉備的仁義，加之自己老邁多病，欲讓出徐州，但劉備只因大義而來相助，并非想吞并徐州，因而一讓再讓，并提出先退曹操之兵。此時曹操收到消息，呂布攻陷山東，曹操依郭嘉之計退兵山東。陶謙再讓徐州，劉備依然拒絕，暫居小沛。曹操大敗呂布，呂布欲投劉備。陶謙病重，三讓徐州與劉備，劉備最終領下徐州。