追蹤光彥而來(lái)到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時(shí)，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來(lái)是組織的成員?？履险嬖V哀光彥來(lái)此的目的時(shí)，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時(shí)候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來(lái)兩人都只是為了來(lái)看螢火蟲(chóng)。

柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說(shuō)了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來(lái)到了這棟有鬼出沒(méi)的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過(guò)一具女性的焦尸，這些傳聞聽(tīng)著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時(shí)，卻不知不覺(jué)都睡著了，恍惚中，電視自己打開(kāi)并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

之后，新一又對(duì)舞臺(tái)重新進(jìn)行調(diào)查，并注意到了舞臺(tái)的活動(dòng)機(jī)關(guān)，如果利用這個(gè)的話兇手及其犯案手法都不難推斷，他將事情的真相告訴有希子，由她揭穿兇手，然而，在兇手被警方帶走前卻說(shuō)了一句讓小蘭很介意的話。案子結(jié)束后，小蘭不小心弄丟了莎朗送給她的手帕，沒(méi)想到兩人找手帕的時(shí)候遇到了……

柯南、小蘭與小五郎因車子沒(méi)油了，得到木山家具社長(zhǎng)馬島的款待。社長(zhǎng)家的宅院每天會(huì)流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號(hào)店，聚集了眾多相關(guān)者開(kāi)宴會(huì)。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長(zhǎng)的兒子、木山智則開(kāi)始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長(zhǎng)死在了石庭的中央！

小五郎受邀帶著柯南與小蘭造訪知名畫家早河靜山的別墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激勵(lì)自殺未遂的靜山。次日，小五郎等留下靜山和黑木去海邊釣魚，而傭人山本典子聯(lián)系他們說(shuō)靜山留下手書失蹤了。很快，在竹林中發(fā)現(xiàn)了靜山的遺體。發(fā)覺(jué)自殺有可疑之處的柯南剖析事件真相發(fā)現(xiàn)他殺的證據(jù)和犯人的真實(shí)身份！