妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

小五郎應(yīng)“草莓雙人組”中藤森朝子之邀前來參加她的慶生會，沒想到開門的朝子小姐竟然一臉驚恐滿身是血的出現(xiàn)在小五郎面前，她說有人突然闖入屋內(nèi)向她發(fā)動襲擊，進(jìn)屋后，柯南發(fā)現(xiàn)了一具頭戴僵尸面罩的的尸體，而這個人正是朝子小姐的搭檔今岡次郎，警方把這起案件初步斷定為正當(dāng)防衛(wèi)，但柯南卻察覺到這是一起蓄意謀殺案！

這天柯南陪同小蘭和園子來練瑜伽減肥，這時他們碰到來參加減肥班的出川，而出川厚子故意的刁難的態(tài)度迫使教練里月跪下息事寧人。而在晚上的訓(xùn)練厚子也早退走掉，獨(dú)自回到屋里。訓(xùn)練之后保子因?yàn)榍貌婚_出川的門而來找里月，但開門之后出現(xiàn)的確實(shí)中毒身亡的出川！在勘察現(xiàn)場之后肯納發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法，犯人也承認(rèn)了因?yàn)閳蟪鸲鴼⑷说氖聦?shí)。

小五郎受邀參加浦井食品創(chuàng)立八周年的紀(jì)念宴會，浦井社長在每年的宴會上都會進(jìn)行魔術(shù)或短劇之類的表演，所以賓客們也都非常期待他今年的表演，然而，宴會期間浦井社長卻大叫一聲倒了下來，就在大家都以為他今年表演是懸疑推理短劇時，柯南發(fā)現(xiàn)浦井社長真的停止了呼吸，警方查出他是中毒而死，當(dāng)時離死者最近的人就是他的夫人浦井星江。

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時來了一輛前往東京的車子，車主是一對古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對情侶說要找到柯南把他弄個半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對情侶抓個正著，這兩個人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？