備前千鶴在飯店房間里上吊，因而被眾人認(rèn)為是自殺。在柯南的啟發(fā)下小五郎發(fā)現(xiàn)千鶴是他殺的肯能性。在警方的詢問下眾人都有殺害千鶴的肯能。在調(diào)查飯店的屋頂之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人飛翔一般的作案手法和留下的證據(jù)。在證據(jù)面前兇手最終承認(rèn)了罪行，同時(shí)道出了和千鶴和自己弟弟的過往以及殺害她的原因。

柯南和少年偵探團(tuán)幾天來一直覺得元太的舉止怪怪的，便追問元太，元太說他因?yàn)槟繐袅诉B續(xù)搶劫案的罪犯而正被追殺，這時(shí)從商場(chǎng)頂樓有鐵材向元太落下來讓原本以為只是元太想多了的柯南眾人也認(rèn)真起來了。元太聲稱見到連續(xù)強(qiáng)盜犯卻忘記在哪里看到的。在不斷的回憶前幾天的事情之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到元太看到盜賊犯。

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個(gè)叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動(dòng)在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對(duì)派的代表同村長(zhǎng)為代表的贊成派一直有沖突。此時(shí)村長(zhǎng)船木出現(xiàn)并提出委托費(fèi)為100萬日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲！？

柯南將小五郎麻醉并召集島上的所有人，準(zhǔn)備將真相公之于眾，但遲遲未見和葉和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好開始對(duì)整個(gè)案件進(jìn)行推理，雖然門脅和祿郎最有可能犯案但柯南卻首先排除了他們二人的嫌疑，而當(dāng)他指出真兇時(shí)，在座之人無一不感到震驚，這時(shí)，自救成功的服部及時(shí)趕到推理現(xiàn)場(chǎng)，更是說出了一個(gè)讓兇手都意外的事實(shí)。

小五郎詢問阿稔有關(guān)郵票的事情卻得到郵票已經(jīng)不見了的回答，柯南也明白了小蘭看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。而柯南也指出春菜收到的音樂盒其實(shí)是秋悟托付給他人送出的。鬧鬼的屋子的真實(shí)原因其實(shí)是有人背后操作。而秋悟先生的音樂盒其實(shí)也只是一般的旅游紀(jì)念品而已，真正貴重的是隱藏在音樂盒里暗語所指示出的郵票。