在鈴木財(cái)團(tuán)的支持下龍馬展的保全措施做的非常好，而柯南在廁所思考之前遺失的龍馬遺物的時(shí)候基德忽然出現(xiàn)！柯南追著基德來(lái)到展館內(nèi)部的時(shí)候發(fā)現(xiàn)園子的袖子上粘到了奇怪奇怪的東西，而柯南也發(fā)現(xiàn)了基德所謂下雨的真實(shí)含義?；掳凑占s定來(lái)到了展館內(nèi)而樽見(jiàn)利用假的被盜信息來(lái)出售贗品的事實(shí)也最終曝光。

柯南用變聲領(lǐng)結(jié)將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時(shí)間以及讓認(rèn)識(shí)的人互相捆綁這兩點(diǎn)，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計(jì)劃，于是，少年偵探團(tuán)在柯南的指揮下相互配合，爭(zhēng)分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進(jìn)電梯里，之后，柯南又將計(jì)就計(jì)把混在人質(zhì)中剩下的三名人質(zhì)揪了出來(lái)，本以為一切就此結(jié)束，沒(méi)想到……

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)到深山里挖竹筍的時(shí)候，車子突然出現(xiàn)故障，柯南等人被迫留在深山之中。為了避雨而來(lái)到這里別墅區(qū)的少年偵探團(tuán)被一陣鋼琴聲所吸引，于是，大伙兒進(jìn)入這棟別墅，雖然這里有人生活的痕跡卻沒(méi)有看到半個(gè)人影，而且留在現(xiàn)場(chǎng)的日記還寫(xiě)著可怕的內(nèi)容，之后大家決定找出日記中出現(xiàn)的被綁架男孩，這時(shí)，屋內(nèi)突然停電，伴隨著少年偵探團(tuán)的恐慌鋼琴聲再次響起。

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來(lái)到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來(lái)找一個(gè)叫陽(yáng)菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽(yáng)菜的父親周平所說(shuō)，在陽(yáng)菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽(yáng)菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

這個(gè)安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無(wú)辜公民的綁著炸彈的那個(gè)男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經(jīng)殺人的事情公之于眾，案件圓滿解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡(jiǎn)訊，根據(jù)目擊者所說(shuō)傳簡(jiǎn)訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)赤井已經(jīng)離開(kāi)了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動(dòng)。