平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來到東京，就在大家一起游覽東京的時候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請下，柯南一行人來到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒有一個結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來介入調(diào)查，這時，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。

小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛(wèi)門說的電話邀請他們到自己的家里來。原來菊右衛(wèi)門是讓小五郎來看他的新作“風(fēng)水丸”。就在媳婦土屋益子去倉庫拿新作的時候竟然不小心把“風(fēng)水丸”打破了！而在晚上的宴會中土屋益子也因為醉酒不起而被抱回了房間中。但在第二天早上，從倉庫里傳出了陶器的破碎聲，當(dāng)大家跑過去的時候發(fā)現(xiàn)益子竟然上吊身亡。

柯南向大家分析兇手是有目的的要殺某個人，這時，警察說他們在木柴那里找到了一盒磁帶和包有雨衣的兇器，聽過磁帶之后，柯南揭穿了想要殺死義房的兇手敬子，但當(dāng)問及真知子的死亡時，敬子卻矢口否認(rèn)，柯南說兇手確實不是敬子而是另有其人，還沒待他講完案件，那個鬼鬼祟祟的墨鏡男出現(xiàn)了，他居然是……

原來這個叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的101號房卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交響樂號也沒有發(fā)現(xiàn)葉才三的身影，如果挨過今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同伙也將恢復(fù)自由之身。十二點之后，甲板上傳出槍聲旗子也被人點燃，柯南發(fā)現(xiàn)了一張寫有奇怪語句的紙鈔，這時，船尾發(fā)生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見一具尸體。

小蘭在去沖繩旅行的飛機上想起了一年前新一在飛機上首次處理命案的事情，當(dāng)時正值深夜，飛機上所有的人都在睡覺，突然傳來一聲尖叫，一名叫大鷹的男子在廁所被人殺害，碰巧目暮警官也在飛機上，于是新一和目暮警官一起對機艙上所有可疑的人進行了調(diào)查，在尋找兇器無果后，新一想到兇器一定就在兇手身上。