小林老師在圖書館里發現了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想卻在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發出挑戰并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

在去往餐館的路上，柯南和小五郎目睹了一起車禍，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都沒有生命危險，本以為這是場單純的車禍，但有目擊者表示那輛肇事車并非偶然經過，如此看來這是一起殺人未遂案件。隨后警察找來了小此木的外甥和她未婚妻一倉分別進行了偵訊卻并未發現異常，這時，“日本第一倒霉的男人”立松說歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所說嗎？

少年偵探團一行人坐阿笠博士的車去露營，但車子因為沒油停在了半路而進退兩難，正好古董車車主周藤豪貴路過此地，他不但沒有幫助柯南他們還留下了狠毒的話離開，沒過多久山上的別墅發生了爆炸事件，當大家趕到時，看到的卻是在熊熊大火中燃燒的古董車和他悲痛欲絕的未婚妻銀林惠奈，乍看似乎是起意外事故，可惠奈的態度引起了柯南的懷疑，難道兇手就是她？

小蘭和園子去吃帶上小學生才能打折的巨龍之山奶油圣代。柯南覺得無聊去商場廁所時看到了高木、千葉和5歲的人質結誠佳代子的媽媽。柯南去地下停車場解救了佳代子，卻反被殺人犯大嶺良介當人質劫車帶走。小蘭找來了毛利小五郞救柯南。車上，柯南得知大嶺在涉谷開搶殺了柔道黑段、經常拖欠工人工資而引發金錢糾紛的恩田和美。原因是替開發過許多游戲卻沒得到應得數目的工資的朋友金山報仇。柯南企圖逃走，黑暗中有人對柯南開槍，大嶺救了柯南，柯南找來阿笠博士幫忙掩護。在毛利的調查中，幕后嫌疑人有三個。。。

阿笠博士和少年偵探團一起去看sprite的球賽，然而在最后關頭sprite卻輸掉了比賽，于是，一行人帶著低落的心情前往百貨公司，元太因為難以接受事實而獨自一人留下，可在踢球的時候因摔倒而短暫暈厥過去，待他醒來撿球的時，卻發現了之前在停車場結識的德國人滿頭是血，讓人疑惑的是他在陷入昏迷之前一直指著元太，所幸柯南破解了他留下來的訊息并將嫌疑人鎖定在三人之中。