如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開(kāi)了骷髏遍地之所，一伙人來(lái)到了一處地下溫泉，元太無(wú)意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時(shí)，眼前出現(xiàn)了一個(gè)洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

某日清晨，柯南等人正在觀察4只青蟲(chóng)時(shí)看到有警車(chē)在附近停靠。為打探消息柯南他們隨即趕往現(xiàn)場(chǎng)。根據(jù)高木刑警的敘述得知，獨(dú)自生活的一位老人被殺。利用午休時(shí)間，高木等人來(lái)到學(xué)校。據(jù)說(shuō)昨晚，有個(gè)少年剛巧目擊了犯罪經(jīng)過(guò)警方隨即來(lái)尋找那名少年。高木雖然找到了那名目擊者圭一，但是圭一卻不承認(rèn)看到過(guò)犯人。

由于服部贏得了推理比賽，所以和葉不得不妥協(xié)去和柯南、小蘭等人一起去甲子園球場(chǎng)觀看全日本高中棒球賽，這里不僅因聚集了來(lái)自全國(guó)的各地的棒球精英而名聲大噪，還有四百三十顆翠綠的常春藤也讓人賞心悅目。比賽剛開(kāi)始就讓全場(chǎng)的觀眾熱血沸騰，然而就在這樣熱情的氛圍之下，似乎有著什么不可知的危機(jī)正慢慢靠近……

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說(shuō)說(shuō)英理前來(lái)拜托希望在她出門(mén)的這段時(shí)間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個(gè)自稱(chēng)為桐下的男人來(lái)到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來(lái)的手機(jī)短信。因?yàn)槎绦诺膬?nèi)容像是什么暗號(hào)，桐下無(wú)法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)的意義。

在這期間柯南還遇到了茱蒂老師，他將自己竊聽(tīng)到黑衣組織計(jì)劃在IDP的地方殺一個(gè)叫DJ的人的事告訴了她，茱蒂說(shuō)今天下午水無(wú)將采訪三個(gè)首次參加眾議院選舉的人，DJ一定就是其中之一，就在柯南焦頭爛額的推理IDP在哪里時(shí)，茱蒂一句話提醒了他，于是他讓博士驅(qū)車(chē)前往杯戶公園，此時(shí)，水無(wú)已經(jīng)開(kāi)始了采訪，柯南和茱蒂火速趕往現(xiàn)場(chǎng)，他們能阻止暗殺事件的發(fā)生嗎？