與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發(fā)之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來(lái)，緊緊抱著灰原，面對(duì)這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時(shí)候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現(xiàn)，雖然保護(hù)了無(wú)辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質(zhì)成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來(lái)就是柯南與蓓摩特的單獨(dú)對(duì)峙，他能否根據(jù)蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國(guó)料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場(chǎng)。而之后那個(gè)中年男子在爭(zhēng)斗中從站臺(tái)掉下下去當(dāng)場(chǎng)死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場(chǎng)后柯南終于揭開(kāi)了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因?yàn)榕笥延龅杰嚨湺鴪?bào)復(fù)殺人的事實(shí)。

之后，新一又對(duì)舞臺(tái)重新進(jìn)行調(diào)查，并注意到了舞臺(tái)的活動(dòng)機(jī)關(guān)，如果利用這個(gè)的話兇手及其犯案手法都不難推斷，他將事情的真相告訴有希子，由她揭穿兇手，然而，在兇手被警方帶走前卻說(shuō)了一句讓小蘭很介意的話。案子結(jié)束后，小蘭不小心弄丟了莎朗送給她的手帕，沒(méi)想到兩人找手帕的時(shí)候遇到了……

小五郎、柯南和小蘭接受工務(wù)店社長(zhǎng)河井的款待，來(lái)到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們一邊欣賞著對(duì)岸的夜景與焰火，一邊品嘗美味佳肴；而河井與山崎則在船頭釣魚(yú)。熱衷于釣魚(yú)的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢(shì)，赤腳握著釣魚(yú)竿。。煙火大會(huì)第一部結(jié)束，夜空變黑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)倒下的河井與山崎。河井尚有意識(shí)站起，而山崎則觸電死亡。

柯南等人通過(guò)電訊公司查到了三個(gè)可疑人士，之后，他們又分別向當(dāng)時(shí)不明人打電話的出處進(jìn)行確認(rèn)，最終將目標(biāo)鎖定在一家以推理家命名的店，店主說(shuō)當(dāng)時(shí)打電話的是一個(gè)帶著墨鏡常來(lái)光顧的客人，于是，柯南等人迅速趕往此處，正巧遇到了這名客人，就在小五郎要上前詢問(wèn)時(shí)，柯南將他麻醉，把事情的來(lái)龍去脈說(shuō)的一清二楚，并利用小孩子的身份，從墨鏡男口中騙取了這個(gè)手機(jī)的號(hào)碼，警方順藤摸瓜，找到了手機(jī)主人的住處，還發(fā)現(xiàn)了有關(guān)賄賂的賬簿。