在園子的邀請(qǐng)下，小蘭和少年偵探隊(duì)來(lái)到奧谷湖舉辦的釣魚(yú)大賽，還在這里認(rèn)識(shí)了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔(dān)任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結(jié)束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發(fā)生了爭(zhēng)吵，沒(méi)想到第二天上午，就在園子等人釣魚(yú)的附近，發(fā)現(xiàn)了船木的尸體，警方立刻介入調(diào)查，水井說(shuō)半年前也曾有人死在那里，柯南認(rèn)為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之三)卸掉偽裝后，工藤新一出現(xiàn)在滿月之下，在眾賓客吃驚之余，他也開(kāi)始了對(duì)整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集來(lái)的線索一步步的將真兇以及他的手法公之于眾，沒(méi)錯(cuò)，兇手確實(shí)與小五郎一組，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂帶走，新出醫(yī)生便尾隨其后，車子一直開(kāi)到碼頭，茱蒂下車揭露出他的真實(shí)身份，而這個(gè)人就是寄信給柯南和小五郎同時(shí)也是她殺父仇人的蓓摩特。

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機(jī)，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時(shí)，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒(méi)有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說(shuō)自己早有防備，他到底有何計(jì)劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會(huì)有什么樣的行動(dòng)？

柯南和阿笠博士從板倉(cāng)的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過(guò)的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉(cāng)的別墅，企圖找到板倉(cāng)所開(kāi)發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來(lái)的郵件，然而，讓他們沒(méi)想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒(méi)有打開(kāi)，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來(lái)沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？

之后，新一又對(duì)舞臺(tái)重新進(jìn)行調(diào)查，并注意到了舞臺(tái)的活動(dòng)機(jī)關(guān)，如果利用這個(gè)的話兇手及其犯案手法都不難推斷，他將事情的真相告訴有希子，由她揭穿兇手，然而，在兇手被警方帶走前卻說(shuō)了一句讓小蘭很介意的話。案子結(jié)束后，小蘭不小心弄丟了莎朗送給她的手帕，沒(méi)想到兩人找手帕的時(shí)候遇到了……