在酒店吃飯時(shí)，一個(gè)神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢問得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報(bào)警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠(yuǎn)藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質(zhì)解救。

柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長津川表示自己也不清楚，警察做了簡單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長殺害的玉田的尸體時(shí)，沒想到館長也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之托，調(diào)查他太太丸稻子是否有外遇。結(jié)果遇到傳次郎有客人來拜訪。但是兩三個(gè)小時(shí)過去后仍然不見傳次郎的蹤影，在進(jìn)入的房間后發(fā)現(xiàn)傳次郎已經(jīng)被殺害！而房間的墻壁上也不滿了劍痕。經(jīng)過調(diào)查后犯罪嫌疑人鎖定在了在小五郎之前來拜訪傳次郎的客人中。最終通過勘察現(xiàn)場柯南發(fā)現(xiàn)了死者留下了死亡訊息并最終找出了犯人。

城中美術(shù)館冒出中世紀(jì)盔甲會自己走路的傳聞，引起了小蘭濃厚的興趣打算一探究竟，沒想到卻意外地發(fā)現(xiàn)美術(shù)館在一周后即將關(guān)閉。而購買美術(shù)館的購買者真中計(jì)劃將這里改造成酒店。小蘭一行在參觀地獄館的過程中發(fā)現(xiàn)真中被釘在墻上，而在回放錄像的時(shí)候發(fā)現(xiàn)竟然是展覽的盔甲將真中殺害！但在回放了錄影帶和勘察現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并找出了真兇。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！