在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個(gè)晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時(shí)，柯南像是想到了什么，他獨(dú)自一人返回山里并在一棵樹下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒想到的是對(duì)方居然帶領(lǐng)了一大波人……

根據(jù)紙飛機(jī)上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時(shí)間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機(jī)的人想傳達(dá)的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機(jī)發(fā)到新一的手機(jī)上，將這三個(gè)帶有暗號(hào)的紙飛機(jī)串聯(lián)在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日?qǐng)?bào)道的代田社長(zhǎng)以及他所在的地點(diǎn)，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進(jìn)了綁匪的據(jù)點(diǎn)。

最近，都市里出現(xiàn)了一名專門襲擊長(zhǎng)發(fā)女子的榔頭男，警方根據(jù)目擊者的通報(bào)找到了榔頭男的住所并在周圍展開了監(jiān)視，期間，有三個(gè)人陸續(xù)進(jìn)出過榔頭男的房間，他們分別是宅配快遞員、機(jī)車送貨員和披薩外送員，考慮到這可能是兇嫌所使用的調(diào)虎離山計(jì)，警方匆忙沖進(jìn)了他的房間，不想?yún)s發(fā)現(xiàn)一名疑似榔頭男的人倒在屋內(nèi)。

服部、和葉來到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說幾天前寺里來的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線索，就在他們離開之前小和尚傳久說屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒有，難道這都是傳久的幻覺？

警察在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)筆記本，上面以流動(dòng)日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個(gè)筆記本，大和警官推測(cè)兇手就是因?yàn)閮?nèi)疚而動(dòng)手殺人的繁次。但是還有疑點(diǎn)并未解開，于是，柯南和服部?jī)扇嗽俅蝸淼搅司c華的死亡現(xiàn)場(chǎng)，并從一名警察那里聽到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……