小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

這天，米小圈和其他隊(duì)員一起做野外拉練鍛煉體能，看著其他隊(duì)員跑得氣喘吁吁，米小圈又開始耍起小聰明，他繞了道悄悄躲在一棵樹下看小說，休息，終于聽到吹哨的聲音，他才匆匆爬起來，臨走時(shí)還不忘將手里的礦泉水往臉上噴噴當(dāng)做汗水，米小圈做這些游刃有余，當(dāng)他和其他隊(duì)員一起“大汗淋漓”地跑回操場(chǎng)，隊(duì)長(zhǎng)不明就里還表揚(yáng)他能夠堅(jiān)持。看到隊(duì)長(zhǎng)翻開隊(duì)員們號(hào)碼牌后面記錄的公里數(shù)，米小圈開始懵逼了，很快隊(duì)長(zhǎng)看到米小圈只跑了三百步，當(dāng)著隊(duì)員的面毫不客氣地指責(zé)米小圈投機(jī)取巧，米小圈根本不服氣，他認(rèn)為既然是鍛煉體能，平時(shí)應(yīng)該多節(jié)省，等上比賽現(xiàn)場(chǎng)在揮汗如雨也不遲，大伙紛紛側(cè)臉，米小圈覺得自己根本沒錯(cuò)。果真，不久之后，他們與春華小學(xué)的對(duì)戰(zhàn)就開始了，米小圈躍躍欲試，肌肉老師卻讓他有耐心，準(zhǔn)備讓米小圈在最后下半場(chǎng)進(jìn)入，并且當(dāng)做隊(duì)里的黑馬，米小圈聽到肌肉老師如此重用他，心里非常得意。上半場(chǎng)春華小學(xué)以一比零的得分勝出，經(jīng)過短暫的休息調(diào)整后，秋實(shí)曉學(xué)的運(yùn)動(dòng)員開始展現(xiàn)出優(yōu)勢(shì)，因?yàn)樗麄兤綍r(shí)比較重注體能訓(xùn)練，因此在后半場(chǎng)比賽中依然保持著雄厚的實(shí)力，眼看就要與春華小學(xué)的分?jǐn)?shù)追平，可是五號(hào)運(yùn)動(dòng)員卻因?yàn)椴恍⌒淖沔I手上受傷，終于被擔(dān)架抬下陣來。米小圈

根據(jù)圖畫書中的線索，柯南等人得知還有其他炸彈存在。目暮警官馬上出動(dòng)全體警力前去搜查，不料卻發(fā)現(xiàn)其余的炸彈都只是爆炸犯捉弄警方的惡作劇，而真正的炸彈早已按照計(jì)劃在指定地點(diǎn)爆炸。正當(dāng)調(diào)查一籌莫展時(shí)，目暮警官突然接到匿名電話報(bào)警，稱自己發(fā)現(xiàn)了爆炸犯的藏身之處。而正當(dāng)眾人趕往此地時(shí)，據(jù)稱是犯人居住的地方卻再一次發(fā)生了爆炸……

小蘭和園子聊著幼稚園時(shí)的往事，新一當(dāng)時(shí)所做出的櫻花名牌推理，正是他的第一次推理，而在小蘭不知道的情況下新一一直在背后默默地守護(hù)著她。櫻花班班主任江舟論介看小蘭的眼神讓新一非常在意，他認(rèn)為這個(gè)老師是故意想要和小蘭親近，他所作出的解釋看似合理，但新一依舊無法放松警惕，新一的父親工藤優(yōu)作得知后也展開了調(diào)查。