小川醫(yī)生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實在是不知道來歷，于是前往毛利偵探事務(wù)所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫(yī)生工作的醫(yī)院調(diào)查過程中看到柯南翻閱病例的小蘭對柯南的懷疑也進(jìn)一步加深。最終柯南在千鈞一發(fā)之際成功解救了小川醫(yī)生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。

少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹找貓的時候，無意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來警察調(diào)查，開門的是一個脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見了，而這個大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險……

柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個深情恍惚的少女，送去醫(yī)院檢查后，醫(yī)生說少女暫時失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢問讓少女頭疼而跑出酒店，突然有一輛汽車迎面開來，但少女靈敏被避開，調(diào)查過程中柯南發(fā)現(xiàn)這名女子身手矯健總能避開危險，她到底是什么人？為什么總遭到襲擊？

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時刻元太的一句話提醒了他。

柯南、小蘭和小五郎散步的時候，聽到附近大樓傳出女聲的尖叫，聞聲趕到的柯南等人發(fā)現(xiàn)不動產(chǎn)社長井本被殺，經(jīng)過排查，犯人鎖定在了曾經(jīng)賣漁具的寺沢、來借錢的土橋和協(xié)商離婚的妻子貴子三人身上，柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的法案手法后，利用簡單的道具，提醒小五郎，最終犯人難逃法網(wǎng)。