解決了橫濱中華街的命案之后，小蘭突然倒地不起，在發高燒的情況下想起過去碰到的命案。那是與新一去紐約時發生的事情，有希子帶他們兩人一起去看話劇，在劇場門口與明星莎朗匯合后，大家一起去參觀開演前的舞臺陳設，不想這時卻發生了意外，盔甲服裝從天花板上墜落，而其中一名女演員卻無法躲避，危機時刻，小蘭挺身而出。

藤枝干雄被殺，雖然家中每個人的反應有著微妙的差別，但卻都有不在場證據。在警方的調查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內部作案。而在有希子詢問了園丁土肥之后眾人又發現了新的疑點。在父親工藤優作的暗示基礎上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開了事件的謎底。

發燒的小哀醒過來發現阿笠博士倒在了電腦之前，正當小哀以為教授被黑衣人殺害的時候發現只是誤會。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認為他可能多少知道一點黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經30多年沒和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來拜訪過，正當柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時出島卻意外死亡！

步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因為犯人可能持有沾血的鑰匙，柯南推測鑰匙孔里會有血便請求測試熒光反應，但是竟然都沒有檢測出反應！就在這時柯南發現了犯人躲避檢測的發法，在柯南的協助下警方終于逮捕了犯人。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之一)小五郎收到了一個署名Vermouth寄來的萬圣節宴會邀請函，其中還附有一封奇怪的信件，而另一邊，工藤新一也受到了同樣的邀請，可其中的信件卻是寄給柯南的，這或許與黑暗組織相關，雖然灰原極力阻止，但柯南依舊堅持前往。宴會當晚，各種“鬼怪”齊聚一堂，小五郎，園子以及木乃伊、美杜莎、狼人、鐘樓怪人被分為一組，自稱是工藤新一的隱形人也加入了他們，在幽靈船船長的主持下，瘋狂的恐怖宴會正式開始！