柯南等人掉落屋低之后，發現這個別館的地下居然是一個巨大的迷宮，大家團結一致將衣服拆開，利用毛線引導道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結束時間只有三個小時，這時，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應的位置，寶藏的所在也顯現出來，這時，時鐘不顧一切的沖向寶藏，他到底是什么人？

小五郎和柯南在租賃衣服的地方遇到了三個準備參加化妝派對的年輕人，在他們盛裝打扮準備去主辦人主編那里之前，還收到了一封主編打扮成小丑模樣的mail。只是誰也沒想到，當他們到達主編家后，卻發現主編橫尸家中，最可疑的就是曾來這里偷盜的小偷，可他卻說自己來的時候，人就已經死掉了，柯南認為還有一些地方無法合理解釋，于是他獨自調查，并在陽臺發現了人造毛發，這么說，兇手應該就是那個人。

小五郎和柯南一起推斷這三個字的含義卻毫無頭緒，水無一句無意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認，不想事情真如他想的一樣，原來這是高木警官在這里執行任務無聊時寫的，接下來就是門鈴之謎，翌日門鈴再次響起，不過這個按門鈴的人卻被柯南抓個正著，沒想到居然是……本以為一切都結束了，柯南卻從無意中粘在水無鞋上的竊聽器得知，她居然是黑衣組織的人。

應社樂蓮希小姐的邀請，柯南等人來到音樂世家社樂調一郎的公館，蓮希拜托小五郎調查因名琴——斯托拉地巴力毆斯所引起了一連串詭異事件，然而，就在他們談論此事時，旁邊的別館火舌繚繞，在那里小憩的弦三郎也因此喪生火海，大家又重回原來的房間，柯南卻發現了奇怪的煙蒂，在與火樓里的煙蒂對比以后，柯南認定這并不是意外而是故意殺人，并且還將會出現下一個被害者。

與黑衣組織的戰斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊獲知同樣就讀帝丹小學的雨宮翔子突然消失，據說她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經深入學校？為找到翔子，放學后大家展開了調查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來過的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時，由美出現……