正在公園里踢足球的少年偵探團(tuán)突然聽到一聲慘叫，房間里沖出來一個人慌張的讓他們報(bào)警，此人正是受害人小久保女士的侄子。所有可能殺害小久保女士的人都有著不在場證明，就在眾人一籌莫展時(shí)，小久保女士生前飼養(yǎng)的八哥引起了柯南的注意，這只一直口出惡言的八哥為解開案件提供了關(guān)鍵的線索。

柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團(tuán)趕到會場后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開往火葬場。情況十萬火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場，而棺材內(nèi)卻并沒有找到柯南，在大家束手無策時(shí)又傳來了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報(bào)廢場，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險(xiǎn)。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計(jì)劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。

警察開始調(diào)查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場證明。柯南從段野的證詞那里發(fā)現(xiàn)了奇怪之處，黑田管理官也發(fā)覺了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔(dān)偶人得到了啟發(fā)，懷疑是有人做了一個自動起火裝置故意暗殺了漆原史昭。