柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

小五郎三人陰錯(cuò)陽差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時(shí)，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識(shí)破了小武是自己害死的對頭財(cái)誠勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時(shí)，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。

少年偵探團(tuán)到商場看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰知外表看似寂靜的百貨公司實(shí)際上卻一點(diǎn)也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險(xiǎn)之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。

毛利蘭受母親委托，與工藤新一一起到某間酒店，調(diào)查毛利小五郎是否在外面真的很花心愛玩。而就在此時(shí)，酒店突然開始舉辦游戲，內(nèi)容是20名酒店小姐排排站，由兩名客人每次各指定1-3名的小姐。先選到排在第20個(gè)的酒店小姐，同時(shí)也是該酒店第一紅牌的久美，就可以得到久美的熱吻當(dāng)作獎(jiǎng)賞。而這次參加這個(gè)游戲的是小五郎跟數(shù)學(xué)家峰正人，游戲進(jìn)行得非常熱烈，可是萬萬想不到最後竟然會(huì)鬧出人命...

柯南和小蘭受邀請一起去參加初中老師松本的婚禮，沒想到婚禮還沒有開始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有一個(gè)習(xí)慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因?yàn)槟鞘撬r(shí)候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶里下毒來毒害松本的。在觀看了錄像之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的目的，最后柯南讓兇手現(xiàn)出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。