警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個(gè)倉庫里，不知為何柯南與小五郎也在場。警方突破倉庫門進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時(shí)，鷹取嚴(yán)男打開事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場混亂之時(shí)綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車上伺機(jī)逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個(gè)荒廢的倉庫里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

若狹老師不慎將話劇演出要用的屏風(fēng)弄臟，柯南一行跟著若狹老師回到公寓幫忙重畫，完工后隔壁房間傳來了噪音，元太和柯南前去抗議時(shí)遇到了新的案件。死者是一名模特，而她的男友是有名的高爾夫運(yùn)動員，若狹老師在早上聽到了兩人的爭吵，而柯南已經(jīng)確定了誰是兇手，現(xiàn)在只差找到關(guān)鍵的證據(jù)。

柯南等人來到方斗寺調(diào)查會預(yù)知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時(shí)，突然從房內(nèi)傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒有結(jié)束……

唐三放心不下父親唐昊，知道他是因?yàn)樗寄钏廊サ钠拮尤貌湃杖战杈茲渤睿脐唤杩诨貋砟媚歉槪吞脐灰酪老e，唐昊答應(yīng)以后不再喝酒，對唐三千叮嚀萬囑咐，唐三發(fā)誓要做最厲害的魂師，希望學(xué)成歸來唐昊能把母親的事全部告訴他。村長帶著唐三很快來到諾丁魂師學(xué)苑，自稱大師的玉小剛在門口悠然自得看書，他檢驗(yàn)了唐三的武魂就放行，學(xué)員柳龍卻攔住了唐三，對他冷嘲熱諷一番，逼他拿出推薦信，唐三沒有推薦信，素云濤事先給了他一塊武魂殿的推薦令，讓他直接來學(xué)苑當(dāng)附課生，而且學(xué)費(fèi)和食宿全免，柳龍對唐三出言不遜，要把村長趕走。蕭塵宇及時(shí)趕來為唐三解圍，他是諾丁城城主的兒子，是唐三的同門，熱情歡迎他入學(xué)，還幫他安排好宿舍，村長才放心離開了。蕭塵宇聽說唐三是武魂殿推薦的，斷定他的武魂是很特別的，唐三承認(rèn)是藍(lán)銀草，柳龍對這個(gè)廢武魂嗤之以鼻，唐三自詡天生滿武魂，蕭塵宇和柳龍立刻驚呆了，斗羅大陸上很少有人擁有天生滿武魂。玉小剛立刻追上唐三，根據(jù)他的研究推測唐三應(yīng)該不止一個(gè)武魂，所以他苦苦追問唐三的另一個(gè)武魂，唐三想起父親的囑托，他找各種借口掩飾，玉小剛知道他在說謊，也沒有多問，就帶他去辦入學(xué)禮，還簡單介紹了學(xué)苑的情況，玉小剛讓唐三

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。