小五郎等人乘坐B(niǎo)ONNET公交車，來(lái)到一個(gè)叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動(dòng)在“影秋村”展開(kāi)搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來(lái)村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對(duì)派的代表同村長(zhǎng)為代表的贊成派一直有沖突。此時(shí)村長(zhǎng)船木出現(xiàn)并提出委托費(fèi)為100萬(wàn)日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽(tīng)到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲！？

看著奄奄一息的柯南，步美建議大家自己想辦法，三人按照石頭上的文字推斷出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。緊接著柯南被立刻送到醫(yī)院進(jìn)行治療，又在小蘭碰巧知道血型的情況下給他輸了血，小蘭最近的奇怪反應(yīng)讓柯南意識(shí)到自己的身份或許已經(jīng)在小蘭面前暴露，就在他打算向小蘭坦白時(shí)，灰原拿槍對(duì)準(zhǔn)柯南。

某日，一個(gè)叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來(lái)到吉村所在的公寓剛準(zhǔn)備上樓時(shí)，突然聽(tīng)到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來(lái)之后，對(duì)吉村的公寓進(jìn)行了仔細(xì)的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。

柯南將小五郎麻醉并召集島上的所有人，準(zhǔn)備將真相公之于眾，但遲遲未見(jiàn)和葉和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好開(kāi)始對(duì)整個(gè)案件進(jìn)行推理，雖然門(mén)脅和祿郎最有可能犯案但柯南卻首先排除了他們二人的嫌疑，而當(dāng)他指出真兇時(shí)，在座之人無(wú)一不感到震驚，這時(shí)，自救成功的服部及時(shí)趕到推理現(xiàn)場(chǎng)，更是說(shuō)出了一個(gè)讓兇手都意外的事實(shí)。

柯南一開(kāi)始就知道兇手是誰(shuí)，但他卻苦于找不到證據(jù)，然而當(dāng)他無(wú)意間看到勒在素夫脖子上的領(lǐng)帶，沒(méi)錯(cuò)，證據(jù)就是這個(gè)！另一邊，目暮警官發(fā)現(xiàn)素夫死前所買(mǎi)保險(xiǎn)的受益人是菊代，而且在素夫消失的這段時(shí)間她也曾來(lái)過(guò)倉(cāng)庫(kù)以及根據(jù)美濃所提供的證詞，這一切線索不得不讓警方懷疑殺死素夫的兇手就是菊代，而菊代也是百口莫辯。這時(shí)，柯南將園子麻醉，借助變聲器將事情的真相一一道出！