小五郎詢問阿稔有關(guān)郵票的事情卻得到郵票已經(jīng)不見了的回答，柯南也明白了小蘭看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。而柯南也指出春菜收到的音樂盒其實(shí)是秋悟托付給他人送出的。鬧鬼的屋子的真實(shí)原因其實(shí)是有人背后操作。而秋悟先生的音樂盒其實(shí)也只是一般的旅游紀(jì)念品而已，真正貴重的是隱藏在音樂盒里暗語所指示出的郵票。

深夜大地震，帝丹神社的秦錢被落下的鐘壓下而死亡。次日早晨開始調(diào)查，但是事情好象并不那么簡單。柯南他們開始在鎮(zhèn)子內(nèi)搜索。發(fā)現(xiàn)死者房間中頭部留出的血沾染的竹桿。可能是地震之后回房時(shí)遭遇不測(cè)。在高木警官即將放棄的時(shí)刻受到柯南假扮的暮目警官的鼓勵(lì)重新振作起來查案。經(jīng)過分下調(diào)查高木警官揭開了事情的真相。

小五郎接受電視節(jié)目制作公司社長古川悅子的委托去保護(hù)他的母親。然后在古川家等待悅子回來的時(shí)候知道了家屬和女傭之間發(fā)生了很多金錢上的糾紛。悅子回來后去母親的房間叫母親時(shí)從母親的房間傳來了槍聲。悅子的母親被擊中頭部死亡。經(jīng)過調(diào)查，柯南發(fā)現(xiàn)了兇手殘留下來的證據(jù)正是遙控器上指紋的漏洞。最終兇手承認(rèn)了自己的罪行。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發(fā)抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時(shí)，對(duì)柯南發(fā)出暗示，柯南突然意識(shí)到可能有黑衣組織的人在車上，然而當(dāng)務(wù)之急是找出歹徒的同伙，當(dāng)公車駛?cè)胨淼罆r(shí)，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準(zhǔn)備帶走一名人質(zhì)以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計(jì)劃，他指揮少年偵探隊(duì)做好準(zhǔn)備，在公車出隧道的一瞬間采取行動(dòng)……

灰原這么做的目的是要叮嚀柯南坦白有風(fēng)險(xiǎn)，讓他謹(jǐn)慎考慮，并在他面前擺出三個(gè)選擇，柯南會(huì)如何抉擇？另一邊，帝丹高中園游會(huì)的當(dāng)天，話劇在體育場上演的時(shí)候，觀眾席竟然出現(xiàn)了謀殺案件，這時(shí)，突然出現(xiàn)了一位迷之少年，當(dāng)他摘掉隱藏身份的帽子時(shí)，在場的所有人都驚呆了，許久未露面的工藤新一居然會(huì)出現(xiàn)在這里，然而，和葉卻揭穿了這個(gè)家伙的真實(shí)身份。