警方聽(tīng)過(guò)答錄機(jī)里的留言后，分別向留言的蓬田、檜垣和稻葉打電話確認(rèn)，發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場(chǎng)證明，雖然警察沒(méi)有頭緒，但柯南卻早已知道兇手是誰(shuí)，可介于小林老師的暗中觀察，柯南不能表現(xiàn)的太過(guò)明顯，于是，他將自己的推理簡(jiǎn)單告訴元太他們，讓他們分擔(dān)必要的說(shuō)辭，提醒警察逐一排除其他兩名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！

柯南和小蘭在公園遇到了帶狗玩耍的八木沢夫婦和堤夫婦，兩只小狗武藏和克爾更是贏得他們的喜愛(ài)，然而，沒(méi)過(guò)幾日，就發(fā)生了一起惡狗傷人事件，攻擊者正是武藏，它咬傷了隔壁中谷太太的婆婆，導(dǎo)致其失血過(guò)多而死，雖然小五郎和柯南等人認(rèn)為是中谷太太命令武藏進(jìn)行襲擊，可卻沒(méi)有確鑿的證據(jù)，直到克爾在案發(fā)的院子里找到……

為了做天體觀測(cè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到一個(gè)坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識(shí)了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來(lái)的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時(shí)候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊(duì)發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價(jià)蛋糕，在這里每個(gè)師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術(shù)師森本都忙著為客人準(zhǔn)備甜點(diǎn)，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時(shí)候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長(zhǎng)橋垣，而嫌疑最大的就是這三個(gè)蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對(duì)每個(gè)人的廚房進(jìn)行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……

警方在繩子和藥瓶上發(fā)現(xiàn)的指紋居然不是屋子里任何一個(gè)人的，那么就排除了他們犯案的可能，再休息之前柯南建議警察再次對(duì)他們每個(gè)人的怪癖進(jìn)行調(diào)查確認(rèn)，然而，卻并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)有何異常，案件一度遭遇瓶頸，到底是忽略了哪里的線索？這時(shí)，小蘭無(wú)意中的一句話提醒了柯南，原來(lái)犯案的不止一人。