妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

這天小五郎在賽馬之后來到小酒館巧遇了同樣賽馬的幾位同好。在屋外抽煙的小五郎遇到了來找他的小蘭和柯南，就在眾人回到小酒館時忽然發(fā)現(xiàn)酒館老板娘被刺身亡！在警方調(diào)查了酒館的幾位客人之時發(fā)現(xiàn)扇小姐為了挽救自己的舞蹈班向老板娘借錢的事實(shí)，而其他幾位客人也多少有把柄被老板娘抓住。柯南在勘察現(xiàn)場后發(fā)現(xiàn)了犯人的身份！

根據(jù)巖石上的暗號以及死者潛水表上刻意抹去的字，步美、光彥和元太三人展開了討論，雖然沒有揭示出這些信息的含義但柯南和沖矢昴卻從他們那里得到了啟示，就在與死者一起潛水的三個同伴吵鬧著要離開一角巖時，警察卻在柯南的提醒下找到了殺人犯，沒想到兇手竟然以步美為人質(zhì)想要逃脫抓捕，所幸沖矢昴出手相救，然而這個成為大家英雄的人卻總給灰原一種無形的壓迫感。

為了陪光彥把壓歲錢存進(jìn)賬戶，柯南、步美和灰原等人一起來到帝都銀行，可元太因?yàn)槌蕴辔竿戳似饋恚驮诓┦亢突以獬鲑I藥期間，一波帶著面具的搶匪突然闖進(jìn)銀行，前來取錢的茱蒂老師以及一名貌似赤井秀一的人也成為了他們的人質(zhì)，雖然茱蒂用美人計在廁所獨(dú)立擊倒一名搶匪，卻不幸被同伙發(fā)現(xiàn)，事已至此，少年偵探團(tuán)成為了將徒制服的唯一希望！

這天園子和小蘭帶著少年偵探團(tuán)的孩子們來到孤島上，問此事正好碰到電視劇的拍攝。而導(dǎo)演和主演則是之前的話題演員宮坂裕彌，而攝影助理沖田則被迫作為替身完成危險的跳崖的鏡頭。這時因?yàn)橄掠昱臄z被迫中斷，劇組人員回到了酒店。就在眾人在酒店休息時發(fā)現(xiàn)宮坂被刺身亡！而犯人就在野營地的幾人之中！