這天，少年偵探團跟阿笠博士一起來到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場由博士的朋友三上導演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說出了電影要在今年終結的事實。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被人刺殺！當少年偵探團的各位趕到片場時看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無頭緒的現(xiàn)場在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當所有的嫌疑都指向和水杯有關系的館岡和中山時，塩田卻搖頭否認，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

身體變小后柯南轉入帝丹小學，并結識了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來到毛利偵探事務所，說總感覺有人暗中監(jiān)視她，為了更進一步了解真相，毛利一行人來到洋子住處，可開門后居然有具死尸橫在門口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰才是真正的兇手。

當晚發(fā)生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎樣到書房的呢？在大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機的事實漸漸浮出了水面。最終柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的犯罪手法并將其公之于眾，而兇手也最終承認了因為妹妹的去世而起殺念的事實。

城中美術館冒出中世紀盔甲會自己走路的傳聞，引起了小蘭濃厚的興趣打算一探究竟，沒想到卻意外地發(fā)現(xiàn)美術館在一周后即將關閉。而購買美術館的購買者真中計劃將這里改造成酒店。小蘭一行在參觀地獄館的過程中發(fā)現(xiàn)真中被釘在墻上，而在回放錄像的時候發(fā)現(xiàn)竟然是展覽的盔甲將真中殺害！但在回放了錄影帶和勘察現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并找出了真兇。